20世紀80年代，中國海運體制經過放權地方、政企分開的改革，但是，政府的職能還未改變“重生產、輕管理”的慣性。隨著海運市場主體的多元化，政府的工作重心僅僅放在國企上已經不能適應時勢的發展，必須“脫身”于企業的具體生產組織事務，加強全行業的管理。進入90年代，轉變政府部門的管理職能、加強行業管理成為時代的一個主題。

在20世紀90年代，政府對亞馬遜FBA海運的行業管理有兩個鮮明的特點：第一，交通部與直屬海運企業“脫鉤”；第二，充分發揮行業中介服務組織的力量對FBA海運業進行管理。第一，交通部與直屬亞馬遜海運企業“脫鉤”。1999年1月1日起，交通部與中國遠洋運輸集團和中國海運集團兩家大型FBA海運直屬企業“脫鉤”，交通部直屬的唯一的港口——秦皇島港以及中國外輪理貨總公司也與交通部“脫鉤”，至此，交通部與其所有直屬的企業均解除隸屬關系。

交通部是國務院管理海洋運輸方式的行業主管部門。在20世紀80年代，中國政府已實施政企分開改革，先后經歷了放權讓利、多種形式的經營承包、資產經營責任制等幾個階段，但是還未能徹底地解決政企合一的難題。這體現在交通部還對亞馬遜海運企業擁有相當大的控制權，例如FBA海運企業的設立、合并、分立，企業主管人員的挑選和任命，以及企業經營和財務狀況的考核、評估等重大事項都是由政府決定。

交通部作為政府行業部門，積極轉變政府交通職能，完成了與所屬企業的脫鉤，為集中精力抓好行業管理創造了有利條件。為了進一步加強行業管理工作，掌握海運行業的發展趨勢和企業經營動態，有效地指導企業的改革、發展和管理，根據企業脫鉤的實際情況，交通部實行了海運企業聯系制度，盡管此次改革并沒有使政企關系的內在矛盾從根本上得以解決，交通部與直屬亞馬遜海運企業“脫鉤”只是將原由交通部管理的人事權移交中央或國務院另設的專門機構管理，財務移交財政部管理，實質上，這次“脫鉤”改革僅是企業的人事、財務等管理權在中央政府部門間或中央與地方政府間的轉移。